과학기술·R&D 예산 평가·감사·결산 근거 모음

과학기술·R&D 예산 평가·감사·결산 근거 모음

작성 기준일: 2026-10-20 · 개혁연구원 근거 모음

구성

• 제1부: 국회예산정책처(NABO) 예산안 총괄 분석(A), 결산 총괄 분석(B), 예산안 위원회별 분석(C), 결산 위원회별 분석(D), 그 밖의 분석(E)
• 제2부: 감사원 감사결과
• 제3부: 정부 공식 R&D 예산과 정의 변경
• 제4부: 해마다 되풀이된 지적
• 제5부: 검토 범위

공통 원칙

• 인용은 원문 그대로 옮겼다. PDF 추출 과정에서 생긴 줄바꿈은 이어 붙였고, 줄바꿈 때문에 생긴 띄어쓰기 깨짐은 한 칸으로 줄였다. 인용 중 "..."은 중간 생략이다.
• 쪽은 인쇄 쪽 번호다. 감사원 보고서는 하단에 찍힌 쪽 번호다.
• 단위는 원문 표의 단위를 그대로 썼다. "(산출)"은 원문 두 수치로 개혁연구원이 계산한 값이다. 그 밖의 비율은 모두 원문에 적힌 값이다.
• 2024년 R&D 예산 감액은 문서마다 비교 기준이 다르다. 2023년 예산을 31.1조원으로 두면 감소율이 14.6%이고, 정부가 R&D에서 뺀 사업을 2023년에서도 빼면(29.3조원) 9.5%다. 각 인용은 그 문서의 기준을 그대로 옮겼다.
• 평가는 각 문서가 말한 범위로 한정한다. 정부의 편성 이유는 정부 문서의 표현을, 비판은 평가 기관의 표현을 그대로 옮겼다.

핵심 결론 요약(괄호는 본문 항목)

1. 2024년 정부안: 국회예산정책처는 "2024년도 R&D 예산안은 전년 대비 16.6%(5.2조원) 감소한 25.9조원"이며, 비R&D로 재분류된 예산을 2023년에서 빼면 "12.1%(3.6조원) 감액 편성된 것으로 추정된다"고 적었다(A1).
2. 국회 확정: 2024년 R&D 예산은 26조 5,369억원으로 전년(31조 778억원) 대비 4조 5,409억원(14.6%) 줄었다. 비R&D 전환분 1조 7,615억원을 고려하면 9.5% 감소다(B1, B3).
3. 편성 방식: 2023년 R&D 1,486개 세부사업 가운데 267개(18.0%)가 종료 또는 통폐합됐고, 813개(54.7%)가 감액, 318개가 50% 이상 감액됐다. 종료 사업 158개 가운데 16개는 당초 계획과 달리 조기종료됐다(A1).
4. 절차: 과학기술정보통신부는 주요 R&D 배분·조정안을 법정 기한(6월 30일)보다 약 2개월 늦은 8월 22일에 확정했고, 국회예산정책처는 이를 "｢과학기술기본법｣ 제12조의2를 위반하였다"고 적었다(A1).
5. 계속과제: 9개 부처가 계속과제 29,090개 가운데 22,559개(77.5%)의 예산을 당초 협약 8.8조원에서 6.0조원으로 약 2.8조원(32.3%) 줄였다. 연구비 감액을 사유로 중단을 요청한 313개 과제는 모두 중단이 허용됐다(B2, B3).
6. 국회예산정책처는 2024년 조정이 "과제점검과 연구비 조정을 형식적으로 수행한 결과 예산 조정이 성과평가 결과와 무관하게 이루어지는 등 R&D 예산 효율화를 달성하기 어려웠다"고 평가했다(B3, D2).
7. 출연연: 국가과학기술연구회 소속 출연연의 2024년 기관운영비는 3.4% 늘고 주요사업비는 24.4%(2,663억원) 줄었다(D2).
8. 증액: R&D 예산은 2025년 29조 5,968억원, 2026년 35조 4,978억원(본예산)이 됐다. 국회예산정책처는 "2년간 약 9조원이 증액되었는바, 질적 향상을 도모할 수 있도록 사전에 충분한 계획을 수립"할 필요를 적었다(A3, B4).
9. 복원: 2024년에 50% 이상 감액된 221개 사업 가운데 2025년 예산안에서 101개는 종료, 48개는 일부 또는 전부 복원됐다. 국회예산정책처는 일부 사업이 개선·변경 내용 없이 복원된 것으로 보인다고 적었다(A2).
10. 예비타당성조사: R&D 예타는 2018년 4월~2025년 8월 총사업비 30조 4,402억원을 줄였고, 「국가재정법」 개정(2026. 2. 10. 시행)으로 국가연구개발사업이 예타 대상에서 빠졌다(A4, B4).
11. 감사원은 최근 10년 국가R&D가 "“낮은 목표수준” 및 “형식적 평가”로 인해 최고 수준의 핵심성과가 미흡"하다고 분석했고, 2022년 최종평가 과제의 97.2%가 '보통 이상'이었다(제2부 1).

제1부 국회예산정책처(NABO)

게시물 URL 형식: `https://www.nabo.go.kr/ko/report/budgetAllView.do?idx=번호&key=2509090001`

A. 예산안 총괄 분석

A1. 「2024년도 예산안 총괄 분석 II」 국가연구개발(R&D) 사업 예산안 분석(2023. 10., idx=8178)

• 규모(3쪽): "2024년도 R&D 예산안은 전년 대비 16.6%(5.2조원) 감소한 25.9조원으로 편성되었고, R&D 예산이 총지출에서 차지하는 비중은 2023년 4.9%에서 2024년 3.9%로 1.0%p 감소하였다."
• 재분류(3쪽): "2024년도 예산안의 감액규모에는 R&D 사업으로 분류되던 대학 재정지원 사업, 각 부처 정책연구 사업 등을 일반재정사업(비R&D)으로 재분류함에 따라 통계에서 제외된 예산도 포함되었는데, 이를 2023년 모수에서 제외할 경우 전년 대비 12.1%(3.6조원) 감액 편성된 것으로 추정된다."
• 주요·일반 R&D(4쪽): "2024년도 주요R&D 예산안은 전년 대비 14.0%(3.5조원) 감소한 21.5조원이며, 일반R&D 예산안은 전년 대비 27.9%(1.7조원) 감소한 4.4조원을 편성하였다."
• 부처별(5쪽): "과학기술정보통신부의 R&D 예산안은 8,959억원(9.3%)이 감액된 8조 7,599억원이며, 산업통상자원부의 경우 7,486억원(13.8%) 감액된 4조 6,838억원, 중소벤처기업부는 4,493억원(25.4%) 감액된 1조 3,208억원이 편성되었다." 31개 부처 가운데 보건복지부·질병관리청·식품의약품안전처만 늘었다.
• 정부 설명(8쪽, 기획재정부 홍보자료를 옮긴 부분): "이는 ‘그간 R&D 투자가 2018년 19.7조원에서 2023년 31.1조원으로 연평균 10.9%씩 급증하였음에도 불구하고 가시적인 성과 도출이 미흡’하고, ‘도전적인 과제 보다는 나눠먹기식 소규모 R&D 사업이 난립’하고 있으며, R&D 생태계가 ‘국내 연구진‧ 자금 중심의 폐쇄적인 연구 체계’로 이루어져 있어 도전적‧ 성과창출형 R&D로 전환할 필요가 있다는 판단에서 비롯되었다."
• 중점 증액(8~9쪽): 국가전략기술 4조 9,775억원(2,947억원, 6.3% 증가), 국제협력 R&D는 "전년 대비 1조 3,000억원(260.0%) 증가한 1조 8,000억원", 신진연구자 초기 탐색 연구지원은 3,071억원에서 4,357억원이 됐다.
• 중기계획(13쪽): "2024년 R&D 예산안 25.9조원은 「2021~2025년 국가재정운용계획」의 2024년 투자 계획(34.0조원) 보다 8.1조원 낮고, 직전연도 계획인 「2022~2026년 국가재정운용계획」의 2024년 투자 계획(32.0조원) 보다 6.1조원 낮은 상황이다." 같은 쪽: "이와 관련하여 국회예산정책처는 기획재정부에 관련 자료를 요청하였으나, 기획재정부는 자료 제출을 거부하고 있는 상황으로, 이는 결국 2025~2027년 R&D 분야는 전체 규모만 설정되어 있을 뿐, 세부 분야별 규모에 대해서는 구체적인 계획이 마련되지 않은 상황임을 의미하는 것으로 보인다."
• 감소의 적절성(16쪽): "2024년 R&D 분야 예산안은 과거의 점진적인 증가 추세와 달리 전년 대비 급격히 감소하였는데, 이는 연구 현장의 예측 가능성을 저해하고 혼란을 초래할 수 있고, 민간기업의 대응투자 축소로 이어질 우려가 있으므로, 2024년 R&D 분야 예산안의 적절성에 대해 검토할 필요가 있다." 18쪽: "물론 2020~2023년 사이 정부 R&D 예산이 예년에 비해 크게 증가하였고, 예산이 확대되는 과정에서 비효율성이 발생하는 측면도 있을 것이다."
• 법정 기한(20~21쪽): "그러나 2023년 과학기술정보통신부는 법정 기한일인 6월 30일보다 약 2개월이 지연된 8월 22일에 차년도 R&D 예산 배분‧ 조정(안)을 확정하여, ｢과학기술기본법｣ 제12조의2를 위반하였다." "물론 건전재정 기조 하에 선택과 집중을 통한 R&D 예산안 마련을 위해 충분한 시간을 두고 배분‧ 조정(안)을 마련할 필요가 있었다 하더라도, 법률에 정해진 기한을 넘겨 제출된 안건은 절차적 정당성을 확보하기 어려운 측면이 있다." 정부 입장(21쪽 각주): "이에 대해 과학기술정보통신부는 기한이 늦어진 것은 사실이나, 정부 예산안 편성 및 국회 제출과정에는 차질이 없도록 하였으며, ... 법 상의 절차를 거쳐 확정하였다고 설명하고 있다."
• 비R&D 전환(23쪽): "기획재정부는 R&D에서 비R&D로 전환한 사업 목록에 대한 자료를 제출하지 않고 있다. 그러나 ‘R&D에서 비R&D로 전환된 사업은 1.8조원 규모’라는 정부 발표와 ... 총 41개 사업이 비R&D로 전환된 것으로 추정된다. 이들 41개 사업의 2023년 예산 중 R&D 통계로 분류되는 예산은 1조 6,022억원이며, 2024년 예산안에는 1조 8,811억원이 편성되었다." 25쪽: "그런데 2024년 예산안 편성 시 비R&D 사업으로 재분류한 41개 사업은 ｢국가연구개발혁신법｣ 및 ｢예산안 편성 및 기금운용계획안 작성 세부지침｣에 따라 일반재정사업으로 분류할 근거가 미흡한 것으로 보인다."
• 종료·통폐합(27쪽): "2023년 R&D 사업 중 2024년 예산안 편성 결과 종료되거나 통폐합된 세부사업은 총 267개 사업이며, 예산 규모는 1조 7,799억 9,600만원이다. 이 중 통폐합된 사업(109개)을 제외하고 순수하게 종료된 사업은 총 158개 사업으로, 예산 규모는 7,287억 5,200만원이다." "... 16개 사업은 당초 계획과 달리 조기종료되는 것으로 확인되었다."
• 계속사업 감액(33쪽): "2023년 R&D 사업(1,486개)의 54.7%인 813개 세부사업의 2024년 예산안은 전년 대비 감액 편성되었다." "50% 이상 감액된 318개 사업의 2024년도 예산안은 전년(3조 7,736억 5,400만원) 대비 2조 7,984억 6,400만원 감액된 9,751억 9,000만원이 편성되었고, ..." 같은 보고서 7쪽은 감액 사업을 812개(54.6%)로 적어 쪽마다 1개 차이가 있다.

A2. 「2025년도 예산안 총괄 분석 III」 국가연구개발(R&D) 사업 예산안 분석(2024. 10., idx=8489)

• 규모(58쪽): "2025년도 R&D 예산안은 전년 대비 11.8%(3.1조원) 증가한 29.7조원이 편성되었고, R&D 예산이 총지출에서 차지하는 비중은 2024년 4.0%에서 2025년 4.4%로 0.4%p 증가하였다." 표 주: "2024년부터 대학재정지원 사업 등 비R&D로 전환된 예산 고려 시 2023년 예산은 29.3조원".
• 정부 설명(62쪽, 「2024~2028년 국가재정운용계획」을 옮긴 부분): "...2024년 예산 편성 시 R&D 사업을 원점에서 재검토하였고, 이를 통해 뿌려주기식‧나눠먹기식 예산과 성과 미흡 및 관행적인 사업을 과감히 구조조정하였다고 설명하고 있다."
• 기초연구(62쪽): "기초연구의 경우 역대 최대 규모인 2.94조원이 편성되었는데"
• 변동성(64~65쪽): "첫째, 2024년 R&D 분야 예산 감액(△4.6조원)으로 정부 정책에 대한 예측가능성이 낮아진 상황에서 2025년 증액(3.1조원)으로 다시 변동성이 높은 예산안을 편성하였고, 2026년부터 2028년까지는 또다시 1% 안팎의 증가율로 지출 계획을 수립함으로써 R&D 분야에 대한 정부 정책 방향의 안정성, 일관성 및 예측가능성이 낮은 것으로 보인다."
• 2024년 구조조정 사업의 2025년 편성(73~74쪽): "정부 R&D 중 2024년 예산 편성 시 “정책여건 반영 등”을 사유로 전년대비 50% 이상 감액된 사업은 총 221개였다. 이들 사업의 2025년 예산안을 살펴본 결과, ① 종료되는 사업 101개, ② 2024년 대비 감액 44개, ③ 2024년 수준 28개, ④ 일부복원 36개, ⑤ 2023년 예산 이상 증액(100% 이상 복원) 12개 사업인 것으로 분석되었다." "그러나 일부 사업의 사례를 살펴본 결과 2024년 예산 감소에 대한 특별한 사유가 없었거나 기존 사업 추진 내용에서 개선 또는 변경된 내용이 없음에도 불구하고 2025년 예산안이 일부복원 또는 100% 복원된 것으로 보인다."
• 조기종료 사례(75쪽): 우주항공청 스페이스이노베이션 사업은 "2024년 예산 삭감에 따라 시험모델 개발까지만 지원하는 것으로 목표를 변경하고 사업을 조기에 종료하게 되었다."
• 예타 면제(87~88쪽): "첫째, 예비타당성조사가 면제된 6개 사업에 대해서는 2024년 10월 현재 예비타당성조사 면제에 따른 사업계획 적정성 검토가 진행 중인데, 이는 예타 면제 사업에 대해 적정성을 검토한 후 그 결과를 예산 편성에 반영하도록 규정한 「국가재정법」 제38조제5항에 부합하지 않는 측면이 있다." 6개 사업의 부처 계획안 기준 총사업비는 4조 5,250억원이다.

A3. 「2026년도 예산안 총괄 분석 I」 총평(2025. 10., idx=8947)

• 56쪽: "둘째, 2024년에 26.5조원으로 크게 감액된 R&D 예산이 2025년 29.6조원, 2026년 35.3조원 등 2년간 약 9조원이 증액되었는바, 질적 향상을 도모할 수 있도록 사전에 충분한 계획을 수립하고, 사업의 중복 등 비효율이 발생하지 않도록 지속적으로 관리할 필요가 있다."
• 56쪽: "2026년 R&D 예산안은 역대 최대 증가율인 19.3%를 기록하며 35.3조원으로 확대되었다. 이는 소규모 파편화된 출연연구기관의 PBS(과제별 연구비 지원) 제도를 폐지하고, ‘국가 임무 중심’의 대규모 융합 연구 체제(ISD)로 전환하여 1,877개의 과제를 100개의 대형 과제로 통합한 결과라는 것이 정부의 설명이다."
• AI 예산(56쪽): "특히, AI 예산 중 비R&D 비중이 확대되고 있지만 프로그램 예산체계상 통신분야 등으로 분류된다는 이유로 예비타당성조사를 원천적으로 배제하고 있어, 대규모 사업이 타당성 검토 없이 도입되어 예산이 비효율적으로 집행될 우려가 있으므로, 예비타당성조사 대상으로 포함하여 운영할 필요가 있다."

A4. 「2026년도 예산안 총괄 분석 III」 국가연구개발(R&D) 사업 예산안 분석(2025. 10., idx=8947)

• 58쪽: "2026년도 주요R&D 예산안은 전년 대비 21.4%(5.3조원) 증가한 30.0조원이며, 일반R&D 예산안은 전년 대비 8.2%(0.4조원) 증가한 5.2조원을 편성하였다."
• 59쪽: 과학기술 분야 1조 9,278억원(20.1%), 산업·중소기업·에너지 분야 1조 6,203억원(22.5%), 국방 분야 9,520억원(19.2%)이 늘었다.
• 예타 운영(70쪽): "...해당 기간 수행된 R&D분야 예비타당성조사는 평균 6.84개월이 소요되어 규정에 부합하는 범위에서 운영되고 있음을 확인할 수 있었다." "동 기간 R&D분야 예비타당성조사를 통해 절감된 사업비는 총 30조 4,402억원에 달하며, 평균적으로 R&D 사업 1건당 3,345억원의 재정투입을 절감하는 효과가 있었다."(2018년 4월~2025년 8월 통과 91개 사업)
• 예타 폐지 이후(71쪽): "그러나, 과학기술정보통신부가 마련하고 있는 보완 절차는 1,000억원 이상의 대규모 구축형 R&D사업을 중심으로 설계되어 있어 그 외 R&D 사업에 대한 객관적인 타당성 검토가 약화될 우려가 있다." "이를 종합하면, 기존 R&D분야 예비타당성제도의 한계를 고려하여 이를 폐지한다는 정부의 제도개편 방향은 타당한 측면도 있으나, R&D사업의 예산이 실소요 대비 과도하게 요구되고 있는 현실적인 측면도 충분히 고려될 필요가 있어 보인다."
• PBS 폐지(83쪽): "향후 5년간 종료되는 정부수탁과제(연 4천억원 규모, 총 2조원)를 기관출연금으로 전환하고, 2030년 전체 예산의 80%, 소요 인건비 전체를 출연금으로 충당한다는 원칙이다." 87쪽: "셋째, PBS 폐지에 따라 과제 단위의 성과관리 및 연구 품질 관리 체계가 약화될 가능성을 고려하여 중장기적 관점에서 과제 단위의 성과를 지속적으로 추적·관리할 수 있는 평가 지표를 마련할 필요가 있다."

B. 결산 총괄 분석

B1. 「2023회계연도 결산 총괄 분석 III」 국가연구개발(R&D) 사업 결산 분석(2024. 7., idx=8413)

• 집행(126쪽): "R&D 사업은 2023년 결산 기준으로 예산현액 31조 778억원의 99.5%인 30조 9,336억원이 집행되었다."
• 성과(131쪽, 한국과학기술기획평가원 성과분석 재인용): SCIE 논문은 "2021년 4만 8,381건으로 증가했으나, 2022년 4만 7,101건으로 전년대비 2.6% 수준 감소", 국내특허 등록은 "2022년의 경우 전년대비 16.0% 감소".
• 예타 위축(133쪽): "① R&D 예타 신청 사업 수는 2019년 83개에서 2023년 51개로 연평균 11.5%씩 감소하는 추세를 보였고, 대상선정 결과 “적합” 사업 비율도 2020년 50.7%에서 2023년 23.5%로 감소하고 있는 것으로 나타났다."
• 예타 폐지 방침(136쪽): "이와 같이 정부에서 2024년 5월 발표한 R&D 분야 예타 폐지는 기존 예타 제도에 대한 심도있는 평가, 예타 제도의 순기능 및 역기능에 대한 검토, 다양한 이해관계자 및 전문가의 의견 수렴 등을 충분히 거치지 않고 발표된 측면이 있는 것으로 보인다."
• 2024년 감액(141쪽): "2024년 국가 R&D 예산은 전년도 예산(31조 778억원) 대비 4조 5,409억원(14.6%) 감소한 26조 5,369억원이다." 과학기술정보통신부 7,069억원, 산업통상자원부 5,904억원, 방위사업청 4,453억원, 중소벤처기업부 3,769억원이 줄었다.
• 중단과제(143쪽): "첫째, 일부 사업의 경우 2024년 R&D 계속과제 연구비 감액으로 인해 다수 중단과제가 발생하였고, 이로 인해 2023년까지 해당 과제에 투입한 R&D 재원이 매몰되는 측면이 있으며, 이는 재정의 효과성 측면에서 적절하지 못한 것으로 보인다." 사례로 중소벤처기업부 중소기업상용화기술개발 69개 과제 중단(2023년까지 213억 7,050만원 투입)을 들었다.

B2. 「2024회계연도 결산 총괄 분석 I」 총평(2025. 7., idx=8817)

• 59쪽: "대규모의 구조조정이 이루어진 R&D 분야의 경우 구조조정이 성과에 기반하여 면밀하게 이루어졌는지 불분명한 측면이 있으며, 구조조정에 따라 연구개발목표가 하향 조정되거나 계속과제의 추진이 중단됨에 따라 지금까지 투입된 재정이 매몰비용이 되었을 가능성이 있으므로, 국회의 2024회계연도 결산 심사를 통해 R&D 분야 구조조정의 적정성, 부작용 등에 대한 면밀한 점검이 필요하다."
• 59쪽: "...국회는 2024년도 예산안 심의 시 R&D 예산을 정부안 대비 소폭 증액된 26.5조원으로 확정하였으나, 이는 여전히 전년 대비 14.6% 감소한 수준이었다." 표 주: "정부는 R&D 사업 중 일부를 비R&D 사업으로 전환하였으며 해당 기준에 따라 2023년 R&D 예산을 재분류할 경우 31.1조원에서 29.3조원으로 변경됨".
• 60쪽: "구체적으로 과학기술정보통신부, 산업통상자원부, 교육부 등 9개 부처의 경우 계속과제 29,090개 중 22,559개의 예산을 당초 협약기준 8.8조원에서 6.0조원으로 약 2.8조원 감액 조정하였다." "...단계평가 결과가 S 또는 A인 과제에서도 70% 이상의 연구개발비 조정이 이루어진 반면 B 또는 C로 평가받은 과제에서도 30% 미만의 연구개발비 조정이 이루어진 바 있다."
• 62쪽: "...정부는 2024년의 경우 이례적으로 연구개발비가 삭감된 과제에 대해서도 연구 중단을 요청할 수 있도록 하였으며, 실제로 연구자가 중단을 요청한 313개의 연구과제는 모두 연구 중단을 허용하였다." 같은 쪽 각주: "산업통상자원부는 R&D 예산 감액에 따라 계속과제 55개의 추진을 중단하였는데 이들 과제에 2023년까지 투입된 연구개발비는 총 651억 5,300만원에 달하고 있다."

B3. 「2024회계연도 결산 총괄 분석 III」 국가연구개발(R&D) 사업 결산 분석(2025. 7., idx=8819)

• 3쪽: "2024년 R&D 사업에 대한 재정투자 규모는 2023년 대비 14.6% 감소한 26.5조원이며, 정부총지출 대비 비중은 2023년 대비 0.83%p 하락한 4.04%이다." 각주: "2024년 R&D 예산은 전년대비 4조 5,409억원 감액되었으며, 이 중 1조 7,615억원 ... 은 정부가 R&D 사업을 비R&D 사업으로 전환함에 따라 감소한 부분으로 정부가 R&D 사업을 비R&D 사업으로 전환한 예산(1조 7,615억원)을 고려하면 전년대비 9.5% 감소하였다." 같은 각주의 분야별 내역(교육 1조 5,787억원, 국방 2,648억원)은 더하면 1조 8,435억원(산출)으로 합계와 맞지 않는다.
• 12쪽: "둘째, 정부는 2024년 관행적‧ 비효율적인 R&D 예산을 구조조정하기 위한 목적에서 R&D 예산 감액을 추진하였으나, 사전준비가 미흡한 상황에서 큰 규모의 R&D 예산을 조정하는 과정에서 과제점검과 연구비 조정을 형식적으로 수행한 결과 예산 조정이 성과평가 결과와 무관하게 이루어지는 등 R&D 예산 효율화를 달성하기 어려웠다."
• 14쪽: "9개 주요 부처는 계속과제 29,090개 중 22,559개 과제(77.5%)의 예산을 조정하였으며, 이들 과제의 당초 협약예산 8.8조원 중 2.8조원(32.3%)을 감액하였다."
• 17쪽: "셋째, 정부는 2024년 이례적으로 연구개발비 조정을 과제중단 사유로 인정하였으나, ... 연구자가 연구비 조정을 사유로 중단신청한 경우 모두 중단 사유로 인정함으로써 예산 비효율성을 초래할 우려가 있다."
• 20쪽: "넷째, 2024년 연구개발비 예산 조정에 따른 기업 피해를 최소화하기 위해 저리 융자(이차보전) 지원 사업이 국회에서 신규로 편성되었으나, 자금 지원에 대한 적극적 안내 미흡, 조기 신청 마감 등으로 당초 목표의 절반 수준을 융자하는 데 그쳐 안정적인 R&D 추진을 지원한다는 목표를 달성하지 못하였다."
• 21~22쪽: "정부는 2024년 R&D 예산 효율화를 위한 출연연구기관 출연금 조정 시 인건비와 경상경비는 증액하고 주요사업비를 감액하였다." 국가과학기술연구회 소속 23개 출연연의 연구직접비 결산은 3,294,728백만원에서 3,032,751백만원으로 8.0% 줄었고 인건비는 1,334,258백만원에서 1,370,687백만원으로 2.7% 늘었다.
• 33쪽: "(4) 정부 R&D 분야에 대한 국회 예결산 심사 강화 방안 마련 필요 ... ｢국가재정법｣에 R&D 분야 예산서 및 결산서 작성을 명문화할 필요가 있다."

B4. 「2025회계연도 결산 총괄 분석 III」 국가연구개발사업 성과관리 결산 분석(2026. 7., idx=9356)

• 55쪽: "2025회계연도 정부 R&D 결산은 전년대비 13.0% 증가한 29조 4,395억원 규모이며, 예산현액 29조 7,005억원 중 29조 4,395억원이 집행되었다."
• 57쪽 표(정부 R&D 예산, 억원): 2017년 194,615, 2018년 196,681, 2019년 205,328, 2020년 242,195, 2021년 274,005, 2022년 297,770, 2023년 310,778, 2024년 265,369, 2025년 295,968, 2026년 354,978.
• 58쪽: "2022~2026년 동안 R&D 예산의 연평균 증가율은 이전 시기에 비해 4.4%p 낮아진 4.5%를 기록하였다." 각주: "2024년은 R&D 사업 범위 축소, R&D 구조조정 등으로 급감한 해이므로..."
• 63쪽: "2025년 22개 부처가 212개 사업에 대해 자체평가를 실시하여 40개 사업(19%)에 우수 등급, 126개 사업(59%)에 보통 등급, 46개 사업(22%)에 미흡 등급을 부여했다."
• 74쪽: "...2008년부터 국가연구개발사업을 조사대상에 포함시켜 시행되어 왔으나, 2026년 2월 ｢국가재정법｣ 제38조 개정(2026. 2. 10. 시행)을 통해 국가연구개발사업을 그 대상에서 제외시켰다." "...2026년 예비타당성조사 폐지에 따라 국가 재정 투입의 적정성을 검증할 사후 성과관리의 역할이 중요해진 상황이므로, 정부 R&D 사업평가의 실효성을 제고할 수 있는 세부 제도개선 방안 마련을 검토할 필요가 있다."
• 85쪽: 혁신도전형 R&D 사업군은 "2024년 32개 0.6조원, 2025년 39개 1조 400억원, 2026년 36개 사업 1조 2,683억원"이다.

C. 예산안 위원회별 분석 [과학기술정보방송통신위원회]

C1. 2024년도(2023. 10., idx=8180)

• 11쪽: "둘째, R&D 계속사업 중 감액 과다 사업은 기존 투자 성과가 매몰되거나 목표하는 성과를 거두지 못하게 될 우려가 있고, 기 구축 장비 또는 인프라가 활용되지 않고 사장될 우려가 있으며, 2024년 예산안 축소가 2025년 이후 재정 부담을 초래할 우려가 있다는 점 등을 고려하여 예산안의 적정성을 검토할 필요가 있는 것으로 나타났다."
• 75쪽: 과학기술정보통신부 소관 2023년 357개 세부사업 가운데 "63개(17.6%)는 종료 또는 통폐합되었으며, 229개(64.1%) 사업은 전년 대비 감액", "50% 이상 감액된 사업도 85개로 전체의 37.1%를 차지하였다."
• 76쪽: "...2024년도 예산안이 전년 대비 90% 이상 감액된 10개 사업은 사실상 사업의 운영이 불가능한 상황으로, 대부분의 사업이 폐지 절차에 들어갈 것으로 예상된다."
• 79쪽: 인공지능챌린지선도기술개발은 "2년간 70억원을 투입하여 컴퓨팅 자원 등 챌린지 대회 환경을 구축하였으나, 2024년 예산 감액에 따라 신규 챌린지 대회를 개최할 수 없게 되었고, 구축된 인프라가 활용되지 않고 사장될 우려가 있는 것으로 나타났다."

C2. 2025년도(2024. 10., idx=8494)

• 33쪽: 개인기초연구 2025년 예산안은 "전년 대비 2,126억 200만원(12.5%) 증가한 1조 9,108억 4,900만원"이다.

C3. 2026년도(2025. 10., idx=8952)

• 4쪽: "과학기술정보통신부 소관 2026년도 예산안 총지출은 23조 6,671억원으로 전년 추경예산 대비 2조 6,836억원(11.3%) 증가하였다."
• 12쪽: 기초연구는 "지원 과제 규모를 확대(1.2만개→1.5만개)"하고 "기초연구 예산을 확대하였고(2025년 2조 4,250억원 → 2026년 2조 7,363억원)", 출연연은 "2025년 2조 2,996억원 → 2026년 2조 6,931억원", AI는 "2025년 3.6조원 → 2026년 5.1조원"이다.
• 54쪽: 국가과학기술연구회 연구운영비 지원의 연구행정 인력 증원(2026년 309명 신규 채용 목표)에 대해 "...출연연구기관 연구행정 인력 실태조사를 반영한 연구행정 인력 재배치‧ 효율화 방안에 근거하지 않은 예산 편성으로, ..."
• 190~191쪽: "과학기술정보통신부는 2026년도 예산안 편성 과정에서 총 185 세부사업을 대상으로 지출구조조정을 실시하여 2025년도 본예산 대비 1조 2,620억 3,600만원을 감액 편성하였다." 이 가운데 2025년에 이미 끝난 사업을 구조조정 대상에 넣은 사례는 "추가적인 재원확보에 기여한 것으로 평가하기 어렵다"고 적었다.

D. 결산 위원회별 분석 [과학기술정보방송통신위원회]

D1. 2023회계연도(2024. 7., idx=8414)

• 4쪽: 과학기술정보통신부 소관 세출예산현액 21조 6,970억 4,000만원 가운데 1조 2,503억 3,800만원이 불용 처리됐다.
• 14쪽: "첫째, 2024년 R&D 계속과제 연구비 감액으로 인해 다수의 중단과제가 발생하였고, 연구개발목표가 하향 조정됨에 따라 해당 과제들에 2023년까지 투입된 R&D 재원이 매몰비용으로 전락하거나 재정투입의 효과를 낮추는 결과를 초래한 측면이 있는 것으로 나타났다."

D2. 2024회계연도(2025. 7., idx=8824)

• 87쪽: "조정 결과, 계속과제 11,719개 중 11,312개 과제의 예산이 조정되었으며, 이들 과제의 당초 협약예산 3조 4,241억 6,100만원 중 1조 431억 8,200만원(30.5%)이 감액되었다." "조정과제 11,312개 중 예산조정률이 30% 미만인 과제는 10,517개, 30~50% 미만 과제는 340개, 50~70% 미만 과제는 150개, 70% 이상 과제는 305개이다."
• 89쪽: "그러나 과학기술정보통신부는 실제 단계평가, 연차점검 등 가이드라인에서 정하고 있는 과제점검과 연구비 조정을 형식적으로 수행하였으며, 그 결과 과제 연구비 조정이 과제 성과와 무관하게 이루어졌다."
• 91쪽: "④ 기초연구사업은 ‘2024년 R&D사업 계속과제 추진 가이드라인’에 2024년도 기초연구예산 확정액에 따라 계속과제 연구비 과제당 10% 또는 20% 수준 감액하도록 규정한바, 가이드라인이 과제 연구비 조정이 연구성과와 무관하게 결정하도록 규정하였다." 정부 입장(같은 쪽): "과학기술정보통신부는 이에 대해 사업별 예산은 국회의 예산 심의 과정을 거쳐 확정된 것이며, 사업 예산의 총액이 이미 정해진 상황에서 모든 과제를 단계평가 결과나 성과에 따라 비례적으로 조정하는 데는 현실적인 한계가 있다는 입장이다."
• 96쪽: "2024년 인건비와 경상경비를 포함하는 기관운영비는 8,572억원 규모로 전년대비 3.4%(281억원) 증액된 반면, 주요사업비는 8,238억원 규모로 전년대비 24.4%(2,663억원) 감액되었다."
• 12~13쪽: "둘째, 과학기술정보통신부 소관 국제협력 R&D 예산은 2023년 2,569억원에서 2024년 1조 1,335억원으로 341.2% 증액되었으며, ..."
• 144쪽: "...민간전문가는 과학기술 분야의 교수, 출연연구기관 연구원 등 국가연구개발과제에 참여하는 자로 R&D 예산 심의 과정에서 이해상충 문제가 있으므로, 전문위원 제척‧회피 규정의 실효성 확보 등 R&D 예산 심의의 공정성 및 투명성 강화 방안을 마련할 필요가 있다."

D3. 2025회계연도(2026. 7., idx=9361)

• 4쪽: 과학기술정보통신부 소관 세출예산현액 24조 8,955억 2,600만원 가운데 1조 1,976억 2,600만원이 불용 처리됐다.
• 154~155쪽: 이공계 연구생활장려금은 2025회계연도 예산현액 600억원이 모두 집행됐고, 기준금액은 석사 월 80만원, 박사 월 110만원이다.

E. 그 밖의 분석

E1. NABO Focus 제73호 「R&D 예비타당성조사 폐지 관련 주요 쟁점」(2024. 7., idx=8425)

• "R&D 예타를 통해 시행 판정을 받은 사업의 부처 요구 총사업비는 58.0조원이지만, 예타를 통해 조정된 총사업비는 32.2조원으로 총 25.8조원의 예산 절감"(2쪽) / "2023년말까지 R&D 예타가 완료된 138개 사업 중 ‘시행’ 사업 수는 71개(51.4%), ‘미시행’ 사업 수는 67개(48.6%)로 조사"(2쪽)

E2. NABO Focus 제171호 「지역 자율형 연구개발사업의 주요 내용과 향후 과제」(2026. 7., idx=9385)

• 1쪽: "2024년 국가연구개발비 집행액은 총 26조 2,175억원으로, 주로 대전(7조 6,231억원, 29.1%), 서울(4조 8,385억원, 18.5%), 경기(3조 3,292억원, 12.7%)에 집중". 「지역 주도 과학기술혁신 촉진에 관한 법률」은 2027년 1월 1일 시행된다.

제2부 감사원

게시물 URL 형식: `https://www.bai.go.kr/bai/result/branch/detail/?srno=번호`

1. 「주요 국가연구개발사업 추진실태 분석(혁신·도전형 R&D 사례분석 중심)」(성과감사, 2025. 4., srno=3157)

• 21쪽: "유형별 과제비는 9~23배 차이가 있는데도(기초 0.9/ 국책8 / 혁신･도전형 21억 원) 투자목적‧규모와 무관하게 목표수준이 낮은 기초‧실험실 수준 집중 수행" 각주: "(TRL 분포) 기초･실험실(1~4단계) 80% 이상, 시작품･실증(5~6단계) 10% 이하"
• 21쪽: "(특허) 국가R&D 삼극특허(미‧일‧EU) 비율은 1.9%에 불과하고 혁신‧도전형 중 최상위 등급은 1.5%에 불과하여 민간 포함 평균(5%)에도 못 미치는 실정" / "(논문) 우수 논문지표인 HCR(피인용 상위 1%) 순위는 17위로 국가R&D 투자규모가 적은 싱가포르(13위) 등과도 상당 격차"
• 23쪽: "최근 10년간 국가R&D 투자규모 대비 “낮은 목표수준” 및 “형식적 평가”로 인해 최고 수준의 핵심성과가 미흡한 것으로 분석됨"
• 54쪽: 2023년 상위점검을 면제받은 77개(3.9조 원) 사업 가운데 "총 25개 사업(11,160억 원)의 자체평가가 적정하지 않은 것으로 확인되었다."
• 58쪽: "...연구재단 등 14개 연구관리 전문기관의 최종평가 과제를 분석한 결과, 2022년도의 경우 ... 대다수인 97.2%(8,107개)가 성공(보통 이상 등급)으로 평가(단지 2.8%가 미흡 또는 극히 불량 등급)되는 등 형식적인 평가등급 부여 등 평가의 실효성에 대한 우려가 있었다."
• 조치(22쪽): 과학기술정보통신부장관에게 분석 결과를 "관련 정책수립‧관리에 참고자료로 활용하도록 통보하였다."
• 이 감사의 대상은 최근 10년 국가R&D의 성과와 평가 체계이며, 2024년 예산 편성 과정은 대상이 아니다.

2. 「과학기술정보통신부 정기감사」(기관정기감사, 2025. 7., srno=3194)

• 7쪽: "감사결과 ... 총 15건의 위법･부당사항 등이 확인되었다." 정보통신진흥기금 등 기금 관리 8건이 들어 있다. 국가연구개발사업 자체를 대상으로 한 감사는 아니다.

제3부 정부 공식 R&D 예산과 정의 변경

3-1. 정의

• e-나라지표(지표 1330): "정부 연구개발 예산 : 정부예산 중 연구개발예산(일반회계 및 특별회계)으로 분류된 연구개발사업과 연구개발 관련 정부기금(정보통신진흥기금, 원자력연구개발기금, 전력산업기금, 과학기술진흥기금 등)으로 추진하는 연구개발사업 - 연구개발예산은 R＆D 통계분류에 대한 OECD 권고기준을 적용하되, 직접 적용이 곤란한 경우는 여건에 맞게 일부 조정"
• 과학기술정보통신부(2025. 8. 22.): "※ 정부 연구개발은 과기정통부(과학기술혁신본부)에서 배분·조정, 자문회의 심의·의결 후 기획재정부에서 최종 편성하는 주요 연구개발과 기획재정부에서 직접 심의·편성하는 일반 연구개발로 구성"
• 국회예산정책처(2024년도 예산안 총괄 분석 II, 4쪽 각주): "주요R&D 사업은 기초원천 및 응용개발 등 과학기술R&D와 과학기술계 출연연구기관, 국공립연구소의 연구개발사업비, 국방R&D 등이다. 일반R&D 사업은 인문사회R&D, 대학지원금, 보안성 국방R&D, 경제인문사회 분야 출연연구기관 운영비, 국공립연구소의 운영경비 등이었으나, 2024년 예산안 편성 시 인문사회R&D, 대학지원금 등을 일반재정사업으로 재분류하여 제외되었고, 과학기술분야 출연연구기관의 시설사업비가 주요R&D에서 일반R&D로 재분류되었다."

3-2. 2024년 재분류에 대한 정부 문서

• 과학기술정보통신부(2023. 8. 30., 2024년도 예산안): "2024년도 정부안의 전체 R&D는 … 올해 31.1조원 대비 25.9조원으로 5.2조원(5.2조원 중 1.8조원은 축소가 아닌 R&D → 일반재정사업으로의 재분류, 실제 감소는 3.4조원, △10.9%)을 효율화하였는데"
• 기획재정부(정책브리핑 '사실은 이렇습니다', 2024. 5. 22.): "정부는 ‘24년 R&D 예산 편성 과정에서 기존 ’23년 R&D 31.1조원 중 OECD 권고기준상 R&D로 분류하지 않는 대학 일반지원 성격 사업 등1.8조원을 비R&D로 재분류 하였습니다." "‘24년 편성시 1.8조원 이관분을 제외한 ‘23년 R&D 29.3조원을 토대로최종 ‘24년 R&D 26.5조원(△2.8조원)을 편성하였습니다." "1.8조원 이관분은 R&D 분류체계상 제외된 것으로 사업을 종료시킨 것이 아니며, 실제 ’24년 예산에서 +0.3조원 증액된 2.1조원을 편성하어 R&D 활동을 간접 지원할 수 있도록 확대 추진하고 있습니다."
• 과학기술정보통신부장관 브리핑(2023. 12. 22.): "말씀하신 5조 2,000억 원 삭감은 아니고요. 그러니까 아시겠지만 1.8조는 비R&D로 빠져나가서 있습니다. 그 부분을 고려하면 2.4조가 감액된 그런 규모이고, 그다음에 실질적으로 퍼센티지로 따지면 한 7.8%, 그 정도 되는 수준이다"
• 과학기술정보통신부(2025. 8. 22., 2026년 예산안 표): 2024년 정부 연구개발 "26.5조 원 (△9.4%)", 주요 연구개발 "21.9조 원 (△11.3%)".
• 정리하면 2024년 감소율은 정부와 국회예산정책처 문서에 16.6%(정부안, 재분류 미반영), 10.9%(정부안, 재분류 반영), 14.6%(확정, 재분류 미반영), 9.5%와 9.4%(확정, 재분류 반영)로 적혀 있다. 장관 브리핑의 7.8%는 산식이 적혀 있지 않다.
• 2023년 확정 예산은 국회 의결 당일 과학기술정보통신부 발표(2022. 12. 24.)에서 "30.7조원"이었고, 2023년 8월 이후 정부·국회예산정책처 문서와 e-나라지표에서는 31.1조원(31조 778억원)이다.

3-3. R&D 예비타당성조사 폐지

• 과학기술정보통신부·기획재정부(2024. 6. 4.): "1천억원 미만의 모든 신규 R&D 사업은 일반적인 예산편성 과정을 통해 사업을 추진한다."
• 과학기술정보통신부(2026. 1. 29., 법 개정): "국가재정법 개정을 통해 500억 원 이상 대규모 국가 연구개발 사업이 예타 대상에서 제외되었다." "1천억 원 이상의 연구개발 사업에 대한 사전 점검 제도가 도입된다."
• 과학기술정보통신부(2027년도 예산안): "총사업비 1천억 원 이상 대형 연구개발 사업은 기존 예비타당성조사에 비해 검토 기간을 약 2년에서 3개월로 대폭 단축".

제4부 해마다 되풀이된 지적

제5부 검토 범위

• 읽은 문서: 국회예산정책처 2024·2025·2026년도 예산안 총괄 분석의 R&D 장, 2023·2024·2025회계연도 결산 총괄 분석의 R&D 장, 같은 해 과학기술정보방송통신위원회 예산안·결산 분석의 주요 특징과 R&D 관련 절, NABO Focus 제73호·제171호, 감사원 srno 3157·3194.
• 2027년도 예산안에 대한 국회예산정책처 분석은 2026년 10월 20일 현재 게시되지 않아 이번 검토 범위에 없다.
• 감사원 감사결과 목록(제목 검색, 2026년 10월 20일)에서 2024년 R&D 예산 편성 과정을 대상으로 한 감사결과는 나오지 않았다.
• 한국과학기술기획평가원의 기술수준평가·성과분석 수치는 국회예산정책처 보고서가 옮긴 값만 적었다.
• 국회예산정책처는 2023년 10월 보고서에서 기획재정부가 비R&D 전환 사업 목록을 제출하지 않았다고 적었다. 41개 사업과 1조 6,022억원은 국회예산정책처의 추정이다.